Ntsyspc得到的遗传距离矩阵看法：将已赋值好的Excel文件放于桌面，假设命名为A.xls，保存为Microsoft office
5.0/95工作薄形式。Excel文件格式设成软件识别的模式，即A1=1，表示出现等位基因;B1=132，表示等位基因数，C1=189表示品种数;D1=0表示不出现等位基因。从A3开始，在第一列标上所有的SSR引物，从B2开始，第二行标上所有的品种名，由此得到一个数据矩阵。
双击NTSYS软件，选择file→edit file，选择A.xls文件，将出现NTedit1.2编辑器，点击file→sale file
as选项，将导入的Excel文件转换为软件识别的格式，命名为A-1.NTS文件。
点击Ntsyspc2.1界面的“Similarity”，点击“Genetic distance”;在Input data
file中输入A-1.NTS;在Output
file中输入A-2.NTS，点击Compute;则计算好的遗传距离放在A-2.NTS文件中。点击Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Input
file，选择A-2.NTS，即可查看到品种间的遗传距离。
Matrix Size就是矩阵的大小 ，两个矩阵必须大小相同。